Děj začíná přesně na konci druhého dílu. Ezio se vrátí zpět do Montergiorni, do rodinné vily Auditore. Ta je ale za chvíli obsazena a zničena Cesarem Borgiou, synem Rodriga Borgii (hlavní záporné postavy Assassin's Creed II). Cesare zabije Eziova strýce Maria, a tak má Ezio další důvod k pomstě a boji s templáři. V současnosti si Desmond Miles spolu s Lucy Stillmanovou, Shaunem a Rebecou ve Vile Auditore založili základnu a úkryt před templáři, právě odtud se Desmond připojuje k Animu. Ezio uteče z vily do Říma, kde se později shledá i se svou matkou a sestrou Claudií. Většinu svého vybavení si nechal ve vile Montergiorni, a tak si musí znovu vybudovat respekt, s čímž mu Římě pomáhá hlavně Niccolo Machiavelli, který je Eziovým rádcem. Ezio si navíc buduje svoje bratrstvo asasínů, to znamená. že si může zavolat na pomoc spřátelené asasíny, případně asasíny posílat samostatně na různé mise. Ezio také v průběhu hry může zbavovat Řím vlivu Borgiů a budovat obchody či skupovat památky, čímž vydělává peníze a posiluje svůj vliv. Celý děj se opět odehrává kolem předmětu „Piece of Eden“ (Kousek Ráje), který byl zpočátku hry uzmut Cesarem Borgiou, který ho odevzdal svému otci. Ezio si musí v Římě vybudovat respekt a zvýšit vliv asasínů, obnoví tak cech zlodějů a žoldnéřů a také nevěstinec (povede ho Claudie spolu s matkou). Machiavelli je mocný asasín a Eziův mentor. Vůdce cechu zlodějů La Volpe podezírá Machiavelliho, že donáší Borgiům, nicméně jeho podezření se nezakládají na pravdě, jak Ezio později zjistí. Eziova sestra Claudie se později také stane asasínkou. Machiavelliho špehové odhalí, kde se nachází Cesare Borgia, situace pro jeho odstranění je tak víc než vhodná. Ezio pozoruje, jak v Andělském hradu papež Rodrigo Borgia přiotráví svého syna Ceareho otráveným jablkem, protože ohrožuje jeho vlastní vliv. Cesare otce nakonec zavraždí sám, chce totiž Jablko (Kousek Ráje) sám pro sebe, ale jeho sestra, Lucrezia Borgia, bratrovi neprozradí, kde se Jablko nachází a Cesare prahnoucí po moci tak ukončí jejich incestní milostný vztah, což Lucrezii velmi rozesmutní. Ezio Cesareho sleduje a Lucrezie Eziovi dokonce trochu pomůže. Ezio se nakonec Jablka zmocní a díky jeho moci definitivně zlikviduje Cesareho armádu a zabije i samotného Cesara Borgiu. Nakonec Jablko bezpečně uschová do skrýše, protože je příliš mocné a Ezio se obává, že by mohlo být zneužito. V současnosti Desmod s přáteli objeví Eziův úkryt a získají Jablko, které bylo uschováno v kryptě pod Koloseem. Desmondovi se zjeví hologram Minervy, která tvrdí, že apokalypsa je jediným možným způsobem, jak očistit lidstvo a zachránit ho před sebou samotným. Desmond na konci, pod vlivem Jablka, bodne skrytou čepelí Lucy do břicha a tím ji zabije.
zdroj: https://cs.wikipedia.org/wiki/Assassin%27s_Creed:_Brotherhood
“Vydám se do černého srdce říše, abych vykořenil své nepřátele. Ale Řím nepostavili za jeden den a neobnoví ho osamělý asasín. Jsem Ezio Auditore da Firenze. A toto je moje bratrstvo.“ Z kdysi mocného Říma zbyly jen ruiny. Městu vládne utrpení a potupa a jeho obyvatelé žijí ve stínu nelítostné rodiny Borgiů. Jen jeden muž může lid osvobodit od tyranie Borgiů – Ezio Auditore, mistr asasín. Eziovo tažení ho zavede až na hranice jeho možností. Cesare Borgia, zákeřnější a nebezpečnější než jeho otec papež, nespočine, dokud nedobude Itálii. A ve zrádných dobách se spiklenci dají najít všude, dokonce i v řadách samotného bratrstva…
zdroj: http://www.databazeknih.cz/knihy/assassins-creed-bratrstvo-63907
